En 1543, el curacazgo de los conchucos estaba dividido en tres grandes huarancas: Una gobernada por Pomacochache con 21 llactas, otra gobernada por Colcallax con 31 llactas, y la última gobernada por Yanamango con 26 llactas. Esta última es quien dominaba expresamente las llactas conocidas como: Taoca, Chuquique, Llapoco, Uchucanangore, Cangalla, Ayangore, Yupa, Tuycope, Pinabamba, Angos, entre otros pueblos. En cada uno de estas llactas se registraron a los tributarios, siendo los más grandes LLapoco con 150 seguido por Ayangore con 112 tributarios.

Entre 1571 y 1572, el Virrey Francisco de Toledo ordena la reducción sistemática de las 77 llactas a sólo cinco ciudades que tengan características europeas, es decir que cuenten con plaza, cabildo, iglesia y calles anchas y rectas. Dicha medida fue tomada con el objeto de ayudar a la doctrina e “hispanización” de los indígenas y principalmente facilitar el control político y la recolección de los tributos. Las ciudades que se conformaron fueron: Santo Domingo de Tauca, San Marcos de Llapo, San Pedro de Corongo, San Juan de Pallasca y San Juan de Sicllabamba.

Según Don Matías Lara y Espinoza, Llapo fue célebre en el Imperio y próspero en la Colonia por sus valiosos yacimientos minerales.

La riqueza de Llapo se lucía en sus casonas elegantes, en la decoración de sus templos, en la indumentaria de sus damas y en la reluciente ornamentación y tonosura de sus jesuitas.

En 1539, los Conchucos se revelaron contra los abusos de los mayordomos y caciques del encomendero de Francisco Pizarro. Se resistieron a pagar más tributos en oro, plata y otras especies valiosas que no poseían en sus tierras. El resultado de esta rebeldía fue que el mismo Marquez Gobernador envió a Francisco Chávez para que pacificara a los alzados. Entre Julio y Septiembre de 1539, Chávez ordenó incendiar, robar, saquear y asesinar a los pobladores de Conchucos. Este hecho explica el exterminio del idioma quechua o culle en la zona de los Conchucos.

Culminado este proceso, se inició el florecimiento de la fe católica y la manifestación de la religiosidad llapina, estableciéndose en el distrito las órdenes de los Jesuitas y los Oblatos, quienes lograron construir la Iglesia Matriz, la Torre y el Santuario.

Además, se construyeron capillas en los 5 barrios como San Marcos, San Pedro, San Francisco, San Miguel y San Pablo. En los años 1582 y 1594, el Arzobispo Santo Toribio de Mogrovejo hizo llegar la imagen de la Virgen María de Copacabana, erigiendo como patrona tutelar del pueblo.