El distrito de Napo se caracteriza por tener un clima de bosque húmedo tropical, con una temperatura promedio anual de 26ºC, con una precipitación de 2000 – 3000 mm anuales.

El distrito de Napo, pertenece al denominado “Llano Amazónico”, distinguiéndose tipos de terreno como el aluvial y colinoso, donde se identifican playas, orillares y colinas bajas. De acuerdo a la clasificación del geógrafo Javier Pulgas Vidal el distrito de Napo se encuentra entre las siguientes regiones:

•  Sub-región de Restingas, Tahuampas y Bajos, de 80 a 120 msnm, comprendiendo la parte más baja.

•  Sub-región de Alturas, de 120 a 180 msnm., conformado por terrazas y colinas bajas inundables con las grandes crecientes de los ríos.