El distrito de Napo está ubicado al nor – oeste de la provincia de Maynas, Región Loreto. La capital del distrito es la localidad de Santa Clotilde y está ubicado en las siguientes coordenadas: 02 °29 ´21.2" de latitud sur, y 73 °40 ´34.2" de longitud oeste, con una altitud de 130 msnm.

El distrito tiene los siguientes límites:

•  Por el norte: Distrito de Torres Causana

•  Por el sur: Distrito de Mazan

•  Por el este: Distrito de Putumayo

•  Por el oeste: Con Ecuador y la provincia de Loreto